空降利刃 | 泛基因组分析内容全面升级
泛基因组测序是运用高通量测序及生物信息分析手段,针对近缘物种、不同类群、亚种或品系材料进行测序、组装和分析,是基因组研究中的旗舰配置。常规的泛基因组分析包括变异检测(SNP、InDel、SV、PAV等)、核心和可变基因组分析、比较基因组分析(系统发育树构建、分歧时间估算、基因家族扩张与收缩、正选择分析、共线性分析/全基因组复制)等。
近几年来,泛基因组研究结果的井喷式发表极大地启发了我们对动植物基因组的研究思路。为此,我们在前述常规分析内容的基础上,结合近三年来发表的相关文献,对泛基因组结题报告进行了三大升级,让您得到更加全面、深入、前沿的研究结果,以期能够对您关注的特定生物学问题研究有所启发。
更细致易读的核心基因组和可变基因组分析
更全面清晰的SV分析和图表展示
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C D E
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新增图形基因组构建与关键变异图示
图7 关键结构变异图示[1]
经过上述三大分析内容升级,泛基因组结题报告将为您提供更细致易读的核心基因组和可变基因组分析、更全面清晰的SV分析和图表展示,并加入图形基因组构建与关键变异图示,成为您研究物种进化、育种的利器。
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参考文献
[1]. Liu Y, Du H, Li P, et al. Pan-genome of wild and cultivated soybeans[J]. Cell, 2020, 182(1): 162-176.
[2].Alonge M, Wang X, Benoit M, et al. Major impacts of widespread structural variation on gene expression and crop improvement in tomato[J]. Cell, 2020, 182(1): 145-161.
[3]. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wild rice[J]. Nature Genetics, 2018, 50(2): 278-284.
[4]. Gao L, Gonda I, Sun H, et al. The tomato pan-genome uncovers new genes and a rare allele regulating fruit flavor[J]. Nature Genetics, 2019, 51(6): 1044-1051.
[5]. Song J M, Guan Z, Hu J, et al. Eight high-quality genomes reveal pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus[J]. Nature Plants, 2020, 6(1): 34-45.
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